In 1938 vertrok hij op 25-jarige leeftijd naar Johannesburg om een ​​carrière als kunstenaar na te streven. Hij woonde bij familieleden in Gerty Street, in Sophiatown. Hij hield zijn eerste solotentoonstelling in 1939. In 1940 kocht de Johannesburg Art Gallery een van zijn schilderijen; het zou het eerste werk zijn dat door een zwarte kunstenaar werd geschilderd om een ​​museumcollectie binnen te gaan. In 1945 verhuisde hij naar Eastwood, Pretoria. Gedurende deze tijd woonde Sekoto bij zijn moeder, stiefvader en broer. Er wordt gezegd dat een deel van Sekoto’s meest geliefde werk uit deze tijd stamt en dat deze tijd als “de gouden jaren van zijn kunst” worden beschouwd. De reden is dat dit het laatste werk was dat hij in Zuid-Afrika voltooide voordat hij naar Parijs ging.