Dit gebouw is zonder meer het indrukwekkendste van de wetenschapsstad. Veel mensen associëren het operagebouw, dat gewijd is aan koningin Sofia, met een schip of zelfs met de Ark van Noach. Binnen in het gebouw bevinden zich 4 podia met in totaal 3600 zitplaatsen. Zoals vaker het geval is in Spanje zijn de kosten uit de hand gelopen. Het gebouw was geraamd op 84 miljoen, maar heeft uiteindelijk 250 miljoen euro gekost, met het gevolg dat er op de bedrijfskosten moet worden bezuinigd. Om die reden zijn er tot nu toe weinig evenementen in het programma opgenomen. De projecten van Calatrava zijn controversieel, hoofdzakelijk om vier redenen: de hoge budgetten (die doorgaans op hun beurt nog eens verdrie- of verviervoudigen tijdens de bouw), de hoge onderhoudskosten, de gelijkenissen tussen zijn projecten en de structurele en functionele gebreken