In 1889 huwde hij Annie Moriarty, met wie hij zeven kinderen kreeg. In 1907 maakte hij een reis naar Engeland en later naar Tasmanië, maar verder zou hij Australië niet verlaten. Tijdens de Eerste Wereldoorlog verslechterde zijn gezondheidstoestand. In 1917 overleed hij aan een hartstilstand, 62 jaar oud. McCubbin geldt als een van de belangrijkste Australische kunstschilders van rond 1900. Veel van zijn werk bevindt zich momenteel in de National Gallery of Victoria en de National Gallery of Australia in Canberra. In 1998 werd zijn schilderij Bush Idyll verkocht voor 2.312.500 dollar, nog steeds een record voor een werk van een Australische kunstschilder.