In 1947 verliet Sekoto Zuid-Afrika om in Parijs te leven onder zelfopgelegd ballingschap. Er wordt gezegd dat toen Sekoto uit Zuid-Afrika vertrok, de mensen die bekend waren met zijn werk een groot verlies voelden bij zijn vertrek. De eerste jaren in Parijs waren zwaar en hij verdiende zijn brood als pianist in een bar. Sekoto’s schilderijen werden politiek in de jaren zeventig vanwege de apartheid in zijn thuisland. In 1989 vereerde de Johannesburg Art Gallery hem met een overzichtstentoonstelling en de Univeriteit van Witwatersrand met een eredoctoraat. Hij stierf op 20 maart 1993 in een rusthuis buiten Parijs .